A paróquia de São Judas Tadeu foi criada em 25 de janeiro de 1940, por decreto expedido por Dom José Gaspar de A. Fonseca e Silva, arcebispo metropolitano de São Paulo. Outras 24 paróquias foram criadas na mesma época. A cidade estava crescendo e precisava de mais igrejas. Um pobre salão, na avenida Felício Fagundes, foi alugado e transformado em capela, onde eram celebradas as missas e os demais sacramentos. Os galhos de uma árvore funcionavam como campanário de velho sino que conclamava os fiéis ao encontro com Deus. A nova paróquia foi confiada à Província Brasileira Meridional dos Sacerdotes do Sagrado Coração de Jesus (dehonianos). Em 17 de março de 1940, Pe. João Buescher tomou posse como primeiro pároco da nova paróquia de São Judas Tadeu Apóstolo.

Pe. João Buescher, pessoa de grande dinamismo, procurou um bom terreno e, com a ajuda da comunidade, construiu a primeira igreja, ainda provisória, que substituía a capela improvisada. No ano seguinte, imediatamente após a construção da igreja provisória, ele já iniciava a definitiva, inaugurada em abril de 1944, e hoje conhecida como Igreja Antiga. Naquela época, São Judas Tadeu era uma santo desconhecido. O pároco passou, então, a divulgar sua história para a comunidade. Mandou fazer muitos impressos com a imagem e a oração do Santo e distribuía-os, pessoalmente, nos pontos de ônibus, nos bondes, na Praça da Sé e nas visitas às famílias dos bairros centrais. Ao mesmo tempo que pedia ajuda para a construção da igreja, divulgava o Santo Padroeiro.

São Judas também não tinha imagem. Padre João Buescher mandou esculpir uma em madeira, mas o escultor ficou doente, e como a festa do padroeiro estava próxima, a imagem acabou sendo fundida em gesso. É a que se tornou oficial na igreja do Jabaquara. O extraordinário aumento da afluência dos devotos, fazendo crescer o movimento religioso, trouxe a necessidade de uma nova igreja. Em janeiro de 1963, sacerdotes, paroquianos e devotos iniciam a nova construção, conhecida, hoje, como Igreja Nova. Este novo templo é de linhas modernas, amplo e funcional. Internamente, apresenta forma circular inscrita num quadrado, tendo sua cúpula 22 metros. Em 1980, na festa dos 40 anos do Santuário, o novo templo já estava equipado com som, pintura e iluminação. O ritmo arquitetônico e a sobriedade das linhas da igreja nova conduzem espontaneamente para o que deve ser o centro de uma igreja: o altar do sacrifício. Em torno da mesa, a comunidade de discípulos, como São Judas, se reúne para celebrar o seu Senhor, Jesus Cristo, e deste modo o peregrino, o devoto, o paroquiano pode melhor fazer a sua experiência de Deus, a sua experiência de comunhão com Deus e os irmãos na Eucaristia.

Todos os Párocos da Paróquia/Santuário São Judas Tadeu:

Pe. João Buecher, scj, de 1940 a 1955;
Pe. Teodoro Becker, scj, de 1955 a 1961;
Pe. Mauro P. Junklaus, scj, de 1961 a 1969;
Pe. Eduardo L. Knob, scj, de 1969 a 1974;
Pe. Rudy A. Mildner, scj, de 1974 a 1978;
Pe. Cláudio Weber, scj, de 1979 a 1983;
Pe. Nicolau Kohler, scj, de 1983 a 1994;
Pe. Sérgio Hemkemeier, scj, 1994 a 1998;
Pe. Belmiro Rauber, scj, de 1999 a 2003;
Pe. Marcelo Alves dos Reis, scj, desde 2004 a 2009.
Pe. Luiz Fernando Pereira, scj, desde 2009 a atual.