A história começa em 1965 quando o bairro já tinha mais ou menos 15 anos .O bairro pertencia à paróquia de Santa Cristina no parque Bristol. Foi neste mesmo ano que o pessoal sentiu a necessidade de uma igreja no bairro um local onde pudessem se reunir e professar a sua fé.
Então foi feita uma comissão e juntamente com o Padre José da Vila das Mercês começaram a decidir como seria esse projeto. Essa comissão apresentou o projeto à cúria metropolitana, no sentido da compra de um terreno.
A cúria na pessoa do padre Paschoal Amato se interessou e em 27 de junho de 1965 o terreno estava comprado.
Em 10 de julho de 1965 foi feita uma limpeza no terreno e plantado um Cruzeiro, marco inicial da Paróquia Santo Agnelo.
No inicio o nome sugerido foi Paróquia Raimundo Nonato mas por sugestão de Dom Agnelo Rossi Arcebispo de São Paulo foi colocado como padroeiro Santo Agnelo Abade. Durante algum tempo padres de igrejas próximas vinham celebrar aqui num salãozinho na rua do Arbusto (ao lado da igreja).
Foi construída uma capelinha na qual o Monsenhor Lafaiete e o Bispo de Bragança Paulista celebraram a primeira missa.
Após algum tempo as missas não podiam mais ser celebradas na capela pois o número de fieis aumentara. Em 7 de março de 1967 foi construída a paróquia, logicamente após algumas festas e rifas para arrecadar dinheiro para construção
Aos sete de setembro de mil novecentos e sessentas e sete Dom Agnelo Rossi arcebispo Metropolitano e Monsenhor Hugo, Chanceler do Arcebispado assinaram o documento para autorização do nome dado a Igreja.
Padre Hilário Matarazzo primeiro pároco chegou do seminário dos padres de Sion. Com a saída do padre Hilário veio padre Paulo Celso Lidones o qual deu inicio a movimentos de jovens (grupos de jovens, crisma) crianças (catequese e grupos de cantos) e adultos (catequese e crisma para adultos, formação de ministros e das pastorais, etc.).
Após a doença e falecimento do Padre Paulo Celso muitos outros padres vieram e muitas mudanças aconteceram, até os dias de hoje com Padre Pedro Pereira dos Santos.